Cenni storici
Comignago è un centro del Basso Vergante, situato nella zona collinare meridionale del Lago Maggiore. L'etimologia del nome deriva da quello della nota famiglia romana Cominia, secondo il tipo: "Fundus, Praedium Cominiacum". La famiglia fece costruire una residenza, nel centro del paese, che divenne in seguito l'Abbazia di Santo Spirito. Essa fu già avanzata dal Bescapè e collegata, come documentazione, ad una lapide di Suno. Il toponimo "Comignago" deve quindi la sua origine all'instaurarsi sul posto di una proprietà romana nel periodo della conquista o della colonizzazione della zona. Ciò non implica necessariamente l'impianto ex novo di una comunità come sembra affermare il Ravizza con l'ipotesi di una deduzione di colonia. Il suffisso "Acum" del toponimo sembra anzi suggerire il contrario e rende piuttosto verosimile l'ipotesi dell'esistenza di uno stanziamento preromano di tipo gallo-ligure.
L'ampia vallata in cui si trova l’abitato di Comignago costituisce l'inizio della via di comunicazione più rapida e più agevole tra il bacino inferiore del Lago Maggiore ed il basso Cusio. La zona, ricca di acque che hanno alimentato per secoli numerosi mulini documentati dai toponimi Molinetto, Molinazzo, Molino di sotto, è caratterizzata da vasto pianoro facilmente coltivabile. Fin dall'epoca preistorica probabilmente era zona di transito e di comunicazione tra i due bacini lacustri, di cui è rimasta testimonianza nell'insediamento golasecchiano di Ameno, sia luogo ideale per un insediamento umano stabile e duraturo. Il rinvenimento quindi di una necropoli di epoca romana a Comignago è solo una conferma, e si aggiunge come anello terminale ai precedenti reperti della zona, completando e precisando meglio il quadro degli stessi. Molte sepolture segnalano rustici insediamenti gallo–romani dal I secolo a.C. o romani fino al IV d.C.
Sotto il Montebello sorgeva il villaggio di Mada (prima menzione nel 1151) scomparso in età medievale. La prima pergamena che parla di Comignago è del 1046. In altre carte si distinguono: la villa, nucleo antico sul colle (1347); il burgus con fossato, in piano (1285); la Chiesa di S. Giovanni, attuale parrocchiale (1323); l’Abbazia di S. Spirito (1282) e i suoi mulini (1347).
Nel 1413 Comignago viene aggregata al feudo di Borgoticino assegnato ai Visconti. Nel 1447 il duca Filippo Maria Visconti consegna il feudo a Vitaliano Borromeo. Nel XIX sec. furono trovati diversi reperti archeologici.